Jackman sinh ra tại Sydney, New South Wales, là con trai của Grace McNeil (nhũ danh: Greenwood) và Christopher John Jackman - 1 nhân viên kế toán.[4][5] Cha mẹ của anh là người Anh và họ chuyển đến sống ở Australia trong cuộc di cư "Ten Pound Poms".[5] Ông cố nội của anh là người Hy Lạp.[6][7] Cha mẹ anh vốn theo đạo Thiên Chúa Giáo, nhưng họ đã cải đạo sang đạo Phúc Âm sau khi kết hôn.[5] Jackman có 4 anh chị em ruột và anh là người con thứ 2 được sinh ra tại Australia.[8] Anh cũng có một người chị em cùng mẹ khác cha, sau cuộc hôn nhân tiếp theo của mẹ.[9] Bố mẹ li dị năm Jackman 8 tuổi, sau đó anh ở lại Australia sống cùng với bố và 2 người anh trai, còn mẹ thì trở về Anh cùng với 2 người chị gái.[5][10][11] Hồi còn bé, Hugh rất thích ra ngoài, dành nhiều thời gian để tắm biển và tham gia những chuyến đi cắm trại và tham quan Australia. Anh rất thích được ngắm nhìn thế giới.[12]

Jackman theo học tại trường tiểu học Pymble Public và sau đó học tại trường nam sinh Knox Grammar ở Sydney.[13] Sau khi học xong trung học, anh dành 1 năm nghỉ phép để làm việc tại trường Uppingham ở Anh.[14] Sau đó, anh trở về và học tại Đại học Công nghệ Sydney, tốt nghiệp năm 1991 với bằng BA ngành Giao tiếp..[15] Trog năm cuối ở đại học, anh tham gia 1 khóa học diễn xuất. Lớp học sau đó đã diễn vở kịch The Memorandum của Václav Havel do Jackman chỉ đạo.[8] Anh từng nói rằng: "Trong 1 tuần học tại đó với những người bạn, tôi thấy có cảm giác như ở nhà nhiều hơn là 3 năm học ở trường đại học".[16]

Sau khi lấy được bằng, Jackman hoàn thành khóa học 1 năm "The Journey" ở Trung tâm diễn xuất tại Sydney.[8] Tiếp đó, anh được đề nghị tham gia 1 vai diễn trong vở kịch opera nổi tiếng Neighbours nhưng anh không nhận[17] mà quyết định theo học tiếp ở Học viện Nghệ thuật Western Australia thuộc trường đại học Edith Cowan rồi tốt nghiệp vào năm 1994..[18]